Через IrDA данные передаются также как и через COM порт с небольшими отличиями. Наличие импульса - это логический 0, длительность имульса составляет 3/16 bit time. Обычно используется режим 8 бит, без контроля четности и 1 стоповый бит. Первый импульс рассматривается как стартовый, далее в зависимости от выбранной скорости передачи (обычно 115200) наличие или отсутствие импульса в заданный момент времени определяет значение очередного бита (0 или 1). Байт считается успешно принятым, если правильно принят стоповый бит, т.е. если в нужный момент не будет никакого импульса. На картинке показан сигнал при передаче данных через COM порт (UART) и через IrDA.
Получить доступ к IrDA как к обычному COM порту можно только если устройство подключается в COM порт или в IrDA разъем на материнской плате. Во втором случае придется править руками INF файлы, чтобы Windows не догадался что это ИК порт. Использовать например USB IrDA устройство для работы с дистанционкой вообще не получится.
О методах кодирования команд дистанционного управления на ИК (инфра-красных) лучах можно посмотреть здесь. Самое главное - каждый информационный импульс, посланный с дистанционки, на самом деле - это ИК фон заданной длительности с частотой от 30 до 56 кГц.